在微波殺菌技術(shù)不斷提高的過程中，它也被越來越多的行業(yè)所應(yīng)用。

微波殺菌在工業(yè)生產(chǎn)中和微生物實驗中應(yīng)用比較。微波殺菌不需要添加化學(xué)防腐劑，因而是以后總物理殺菌方法，殺菌過程中不會對食品殘留毒性也不會改變食品的營養(yǎng)成分，因此是安全無害的。同時在同等殺菌溫度下，用時短效果好，避免因長時間加熱影響食品品質(zhì)，對于既要保持色澤、香味和口感不變等質(zhì)量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌可取得佳效果。根據(jù)微波殺菌的前后順序又可以分為兩類：包裝后殺菌和包裝前殺菌，一般用塑料軟包裝或玻璃，以工程塑料質(zhì)地容器為宜。同時為防止在微波殺菌過程中漲袋，設(shè)備可在工作倉內(nèi)施加壓力采用反壓殺菌工藝，防止?jié)q袋損失。

微波殺菌技術(shù)的應(yīng)用，在食品衛(wèi)生等領(lǐng)域取得了良好的使用價值。